
La trama de la serie se puede dividir en cuatro etapas, de 13 episodios cada una excepto la última, de 15.
En la primera etapa, siete niños se marchan a un campamento de verano a pasar sus vacaciones, pero una vez allí son transportados al digimundo, donde conocerán a ciertos digimon que se convertirán en sus compañeros. Tras hacer frente a digimon infectados por Ruedas Negras o "Engranajes negros", y descubrir que se encuentran sobre una isla, la Isla File, tienen un primer encuentro con el que será su primer gran enemigo, Devimon, un digimon maligno que anda detrás de las ruedas y que les tiende una trampa, separando la isla en siete trozos para alejar a los que ya empiezan a ser denominados como Niños Elegidos. Éstos consiguen, sin embargo, reunirse de nuevo y vencer en un complicado combate a Devimon.

La segunda etapa tiene como centro de la trama los emblemas de los Niños Elegidos. Estos emblemas, necesarios para que sus compañeros Digimon alcancen una mayor digievolución se encuentran escondidos en el continente Server o "Servidor", al cual los niños se dirigen después de salir de la Isla File. Una vez allí tendrán que eludir a un nuevo enemigo, Etemon, quien tratará por todos los medios de acabar con ellos. Después de conseguir todos los emblemas, los Niños Elegidos entablan un combate contra Etemon. En la batalla final, logran derrotarlo, pero al explotar Etemon, provoca un agujero negro que transporta a Tai y a su compañero digimon, Agumon al mundo real, donde descubren que apenas ha pasado unas horas desde su viaje al Digimundo, aunque en el Digimundo en realidad pasaron varios días. No tardan en regresar al Digimundo, tras lo cual tendrán que encontrar a sus amigos, quienes se han separado para encontrarles. Aquí entra en escena Myotismon, un nuevo enemigo que se sirve de un siervo, Demidevimon, para poder eliminar a los Niños Elegidos cuando más vulnerables están, que es antes de que sus emblemas, cuyos significados conoce, empiecen a brillar. Los niños y sus digimon consiguen frustrar sus planes.








Episodios
Cap 01 - La isla de las aventuras (En España Vacaciones de verano)
Cap 02 - Greymon (En España El nacimiento de Greymon)
Cap 03 - Garurumon (En España El nacimiento de Garurumon)
Cap 04 - Birdramon (En España Sora en peligro)
Cap 05 - Kabuterimon (En España Kabuterimon)
Cap 06 - La furia de Palmon (En España La transformación de Palmon)
Cap 07 - Ikkakumon (En España El rugido de Ikkakumon)
Cap 08 - El guerrero de la obscuridad, Devimón (En España Devimon, el mensajero de la oscuridad)
Cap 09 - Los Digimon de hielo (En España El choque con los Digimon más fríos)
Cap 10 - El guardián Centarumon (En España Centarumon el guardián)
Cap 11 - Bakemon (En España Bakemon el fantasma bailarín)
Cap 12 - La aventura de Patamon (En España La aventura de Patamon y T.K.)
Cap 13 - El despertar de Angemon (En España La aparición de Angemon)
Cap 14 - Un Nuevo Continente (En España Partiendo hacia un nuevo continente)
Cap 15 - El Terrible Etemon (En España Etemon el terror del escenario)
Cap 16 - SkullGreymon (En España La Digievolución Oscura, SkullGreymon)
Cap 17 - Kokatorimon (En España Kokatorimon el capitán del barco fantasma)
Cap 18 - Piximon (En España Piximon el hada Digimon)
Cap 19 - Datamon (En España Datamon en el laberinto)
Cap 20 - MetalGreymon (En España La Digievolución Perfecta, MetalGreymon)
Cap 21 - Koromon llega a Tokyo (En España La gran aventura de Koromon en Tokyo)
Cap 22 - El maligno DemiDevimon (En España DemiDevimon el pequeño demonio intrigante)
Cap 23 - WereGarurumon (En España Mi amigo WereGarurumon)
Cap 24 - MegaKabuterimon (En España El poder de MegaKabuterimon)
Cap 25 - ShogunGekomon (En España ShogunGekomon el tirano durmiente)
Cap 26 - Las alas resplandeciente de Garudamon (En España Las brillantes alas de Garudamon)
Cap 27 - El castillo de Myotismon (En España El castillo de la oscuridad de Myotismon)
Cap 28 - Vamos a Japón (En España ¡Persecución! ¡Hay que volver enseguida a Japón!)
Cap 29 - Mammothmon ataca en Hikarigaoka (En España Combate en Hikarigaoka contra Mammothmon)
Cap 30 - Los Digimons atacan Tokyo (En España La gran travesía de los Digimon por Tokyo)
Cap 31 - Raremon ataca (En España Raremon ataca la bahía de Tokyo)
Cap 32 - SkullMeramon (En España SkullMeramon y la ardiente torre de Tokyo)
Cap 33 - Pumpkinmon y Gotsumon (En España Pumpkinmon y Gotsumon. Dos Digimon de Shibuya)
Cap 34 - El destino de Gatomon (En España Los lazos del destino de Gatomon)
Cap 35 - El hada de Odaiba, Lillymon (En España Ha florecido Lilymon, el hada de Odaiba)
Cap 36 - Zudomon ataca (En España El explosivo golpe de Zudomon)
Cap 37 - Angewomon (En España El ataque de los Digimon perfectos. La radiante Angewomon)
Cap 38 - El rey maligno VenomMyotismon (En España Venomyotismon el rey demonio)
Cap 39 - Las Digievoluciones más Poderosas (En España Dos Ultradigievoluciones. ¡Acabemos con la oscuridad!)
Cap 40 - Los Amos Oscuros (En España Los Amos Oscuros, los cuatro emperadores de la montaña del mal)
Cap 41 - MetalSeadramon (En España MetalSeadramon el furioso rey del mar)
Cap 42 - Whamon (En España Whamon y el silencioso fondo del mar)
Cap 43 - Puppetmon (En España El peligroso juego de Puppetmon)
Cap 44 - Cherrymon (En España Cherrymon el rey del bosque de la confusión)
Cap 45 - WarGreymon vs. MetalGarurumon (En España WarGreymon contra MetalGarurumon)
Cap 46 - El ataque de MetalEtemon (En España El contraataque de MetalEtemon)
Cap 47 - SaberLeomon (En España Viento, luz, SaberLeomon)
Cap 48 - Las ordenes de Machinedramon (En España La orden de bombardeo de Machinedramon)
Cap 49 - Adiós Numemon (En España Adiós los Numemons)
Cap 50 - Ladydevimon (En España LadyDevimon y la lucha de las chicas)
Cap 51 - El terrible Piedmon (En España Piedmon el payaso infernal)
Cap 52 - MagnaAngemon (En España MagnaAngemon el caballero sagrado)
Cap 53 - El último Digimon de la oscuridad (En España El último Digimon oscuro)
Cap 54 - Un nuevo Digimundo (En España Un nuevo mundo)